바이러스는 유전자 구성, 구조 및 기타 특성을 기반으로 분류됩니다. 기생하는 숙주에 따라서는 동물 바이러스, 식물 바이러스, 그리고 세균 바이러스로 나뉩니다. 바이러스의 기원이나 전파 양식이나 일으키는 증상에 따라 나눌 수도 있습니다. 또한 캡시드 형태에 따라 분류할 수도 있습니다. 과거에는 때때로 처음 분리된 지명에 따라 명명하기도 했습니다.
바이러스의 분류
이처럼 바이러스는 여러 가지 기준으로 분류가 가능합니다. 예를 들어 바이러스의 모양으로 분류하면 막대기 모양(rod shape), 구형 모양(sphere shape), 총알 모양(bullet shape) 등으로 분류가 가능합니다. 필요에 따라 바이러스가 감염되는 숙주에 따라 분류를 하기도 하고, 질환에 따라서 분류를 하기도 합니다. 예를 들어 간염 바이러스로 분류된 바이러스는 세분하여 A, B, C, D, E 형 등으로 나눌 수 있는데, 이들 바이러스는 생물학적으로는 큰 차이가 있는 바이러스들입니다.
바이러스를 분류할 때, 가장 많이 쓰는 방법은 볼티모어 분류체계(Baltimore classification scheme)로 바이러스가 가지는 유전체(genome)와 복제방식, 유전자 발현 방식에 따라 분류한 것입니다.
각 바이러스 유전체의 특성과 감염 후 증식과정 중 mRNA를 만드는 방법을 확인하여 바이러스를 분류합니다. 유전체의 화학적 구성(DNA 혹은 RNA), 성상(단일가닥 혹은 이중가닥) 및 증식방법에 따라 7개의 그룹으로 분류합니다. 볼티모어 분류체계는 바이러스의 변하지 않는 특성에 따라 바이러스를 분류한 것이지만, 분류된 클래스(class)를 통해서 바이러스에 대해서 알 수 있는 정보가 제한적이라는 단점이 있습니다.
바이러스의 과학적 명명 체계는 국제 바이러스 분류 위원회 (ICTV)가 정한 규칙을 따릅니다. 이는 각 바이러스에 속(genus)과 종(species) 지정으로 구성된 고유한 학명을 부여하는 것을 포함하며, 종종 라틴어 또는 그리스어 단어에서 파생됩니다. 최근 전 세계를 휩쓸었던 코로나 바이러스의 경우, WHO에서는 ‘Coronavirus Disease 2019’를 줄여 ‘COVID-19’이라 불렀으나, 국제바이러스분류위원회(ICTV)는 이 바이러스 자체를 'SARS-CoV-2' (중증급성호흡기증후군-로나바이러스-2)로 지정하여 원래 사스 코로나바이러스와 유전적 유사성을 인정했습니다. 이 이름은 이전의 SARS-CoV (2002-2003년 사스 발병의 원인)와 구별됩니다.
예전에는 지명을 이용하기도 하였지만 근래에 들어서는 이러한 명명법은 피하는 추세입니다. 예를 들면, 수족구병을 일으키는 것으로 알려진 콕사키 바이러스는 미국 뉴욕주 콕사키 지역에서 최초로 해당 바이러스를 분리하고 조사하였기 때문에 그러한 이름이 붙여졌습니다. 최근 세계보건기구(WHO)는 두려움이나 차별을 유발할 수 있는 이름의 사용을 막기 위한 지침을 제공하기도 했습니다.
바이러스는 세균보다 저항성이 강합니다. 폭스바이러스를 제외하고는 광학현미경으로 관찰하기 어렵습니다. 다른 생명체와 마찬가지로 유전적 연속성을 유지하며 증식하고 돌연변이도 나타납니다.
동물바이러스와 식물바이러스 사이에서는 숙주를 공유하는 바이러스가 알려져 있지 않지만, 곤충바이러스는 곤충체 내에 증식하여 곤충(절지동물) 이외의 동물 또는 식물을 감염시키는 바이러스가 많습니다. 이 경우 곤충은 매개자로서의 역할을 하게 됩니다. 그러나 동물과 식물에 걸쳐 감염 증식하는 바이러스는 알려져 있지 않습니다. 다만, 핵산과 비리온의 구성에서 Rhabdoviruses와 Reoviruses의 2종은 동물 및 식물바이러스에 공통되는 과로 약간 예외적입니다.
식물바이러스에서는 RNA바이러스가 압도적으로 많은 데 대해 동물바이러스에는 DNA 및 RNA바이러스의 쌍방이 널리 존재하고 있습니다.
척추동물 바이러스는 과, 속, 그리고 종으로 분류합니다. 분류상 사용되는 특징들은 대칭성, 외피의 유무, 핵산의 조성, 핵산 가닥의 수, 핵산의 극성 등입니다. 현재까지 알려진 몇 개 과의 RNA바이러스와 DNA바이러스를 표에 분류해 보았습니다.
| 형태 | 바이러스 | |
| DNA | 외피가 있고 이중가닥의 핵산 | Herpesviruses |
| Poxviruses | ||
| 외피가 있고 단일가닥의 핵산 | Parvoviruses | |
| 외피가 없고 이중가닥의 핵산 | Adenoviruses | |
| Papovaviruses | ||
| Hepadnaviruses (Hepatitis B V) | ||
| RNA | 외피가 있고 단일가닥의 핵산 | Orthomyxoviruses (InfluenzaV) |
| Paramyxoviruses (Mumps,Measles) | ||
| Togaviruses | ||
| Retroviruses (HIV) | ||
| Rhabdoviruses | ||
| 외피가 없고 이중가닥의 핵산 | Reoviruses (RotaV) | |
| 외피가 없고 단일가닥의 핵산 | Picornaviruse s(RhinoV/EnteroV) | |